El 12 de octubre de 1963 asumió como presidente Arturo Umberto Illia. En compañía de Carlos Perette, integraba la fórmula de la Unión Cívica Radical del Pueblo (UCRP) que triunfó en las elecciones precedentes. El triunfo fue por un escaso 25,8 por ciento de los votos, mientras que en segundo lugar quedó el binomio de Oscar Alende y Celestino Gelsi de la Unión Cívica Radical Intransigente (UCRI) con apenas el 16 por ciento. Claro que el voto en blanco, en épocas del peronismo proscripto, era muy alto: 18,8%.
Las elecciones de 1963
Tras el derrocamiento de Juan Domingo Perón por parte de la Revolución Libertadora hubo un período de inestabilidad política en Argentina con una fuerte influencia castrense en las decisiones de gobierno. Si bien había elecciones, no tenían completa legitimidad ante la proscripción de la que era objeto el justicialismo. Entre 1955 y 1963, de los cinco presidentes que hubo solamente uno fue electo democráticamente: Arturo Frondizi, electo en 1958 y derrocado por un golpe militar en 1962 tras resistir a las demandas de las Fuerzas Armadas. Frondizi había autorizado la participación electoral del peronismo y, tras el triunfo de ese partido en la provincia de Buenos Aires, ocurrió el golpe militar que también impidió la asunción de Illia como gobernador de Córdoba.
A cargo de la presidencia quedó el titular del Senado José María Guido, que llevó al país hasta las nuevas elecciones del 7 de julio de 1963, fuertemente condicionado por los militares a través del general Juan Carlos Onganía, comandante en jefe del Ejército, y del ministro del Interior, el general Osiris Villegas.
Para las elecciones de 1963 los principales contendientes eran dos facciones radicales, la UCRI y la UCRP. El veterano líder radical Ricardo Balbín decidió no competir y apoyó a Illia. Debido a la proscripción al peronismo reinstalada por Guido, el líder justicialista en el exilio ordenó votar en blanco. Además, una agrupación que candidateaba el expresidente de facto Pedro Aramburu hacía del anti peronismo el tema central de su plataforma.

Los resultados
Unión Cívica Radical del Pueblo (Arturo Illia – Carlos Perette): 2.441.000 votos.
Unión Cívica Radical Intransigente (Oscar Alende – Celestino Gelsi): 1.593.000.
Unión del Pueblo Argentino (UDELPA) PDP (Pedro Aramburu – Horacio Thedy): 1.346.000.
Otros: 2.272.000, y en blanco e inválidos: 2.058.000 votos.
Si bien la cantidad de electores conseguidos (169) no le alcanzaba para ser electo presidente, Illia consiguió el respaldo de tres agrupaciones de centro en la segunda ronda en el colegio electoral, lo que le permitió asumir la primera magistratura.
El hecho de concurrir a su asunción en el Cadillac oficial descapotable flanqueado por el comandante en jefe del Ejército, general Juan Carlos Onganía, y por el jefe de la Armada, Eladio Modesto Vázquez, mostraba cómo había sido el camino a la presidencia y señalaba el futuro.
Medidas de gobierno
Dentro de las medidas llevadas adelante en sus casi tres años de gobierno, podemos mencionar la anulación de los contratos petroleros que había acordado con empresas petroleras estadounidenses el gobierno de Arturo Frondizi, y el aumento del presupuesto destinado a la educación. También se estableció el salario mínimo, vital y móvil, se aprobó la ley de medicamentos que fijaba una política de precios y de control de medicamentos.
La educación fue un eje importante del gobierno de Illia: se creó el Plan Nacional de Alfabetización y el porcentaje del presupuesto destinado al área educativa se incrementó de un 12 en 1963 al 23 por ciento en 1965.
La plataforma de Illia se sostenía en cinco ideas principales: la planificación en colaboración con un consejo económico-social, la ampliación del mercado interno, la disminución del gasto militar, el aumento del gasto social y la anulación de los contratos petroleros firmados por Frondizi.
El gobierno llevó a cabo la suspensión de los convenios petroleros y mejoró las educativas y el funcionamiento general de la economía pero descuidó el flanco militar y político.
El reclamo por Malvinas
Un hecho destacable de este gobierno fue conseguir que la Asamblea General de Naciones Unidas respaldara el reclamo argentino por la soberanía de las Islas Malvinas. El canciller Miguel Zavala Ortiz logró que el organismo aprobara, el 16 de diciembre de 1965, la Resolución 2.065 por la cual se invitaba “a los gobiernos de la Argentina y del Reino Unido a proseguir sin demora las negociaciones recomendadas por el comité especial por la soberanía de las Islas Malvinas”.
Esta norma es la base sobre la que Argentina fija su conducta diplomática respecto de la disputa con Gran Bretaña por la soberanía en el archipiélago austral.
La caída
El 28 de junio de 1966 un nuevo golpe militar interrumpía el devenir constitucional de nuestro país. En 1965, para las elecciones legislativas Illia había levantado la proscripción al peronismo, que fue el partido más votado.

El golpe obedeció a varias causas: el enfrentamiento de la administración de Illia con los capitales petroleros y las empresas multinacionales farmacéuticas, el posible retorno al poder del peronismo, la extraordinaria campaña de acción psicológica a través de todos los medios de comunicación atribuyendo lentitud e ineficacia al gobierno que las cifras objetivas y estadísticas desmienten, y una nueva coalición entre las jerarquías sindicales y los mandos militares inspirados en la doctrina de la Seguridad Nacional.
Después de su caída en 1966 y hasta su muerte en 1983, Arturo Illia fue un símbolo de la decencia política, de la recuperación democrática y la preservación del patrimonio común de la Nación. Su figura está asociada a la honestidad y a la ejemplaridad en el ejercicio de la función pública.